La actual postura del Gobierno sobre los campos Armadillo (entregado al consorcio Gran Colombia), Bloque 31 (en manos de Petroamazonas) y el ITT motivaron una demanda por etnocidio y genocidio, y la apertura de una indagación previa por parte de la Fiscalía.
Los denunciantes son la Confederación de Nacionalidades Indígenas (Conaie) y el movimiento Pachakutik, quienes aseguran que las operaciones petroleras en la zona afectan a los pueblos.
En abril del 2007, el presidente Correa ofreció proteger a los pueblos en aislamiento de la Amazonía, impidiendo “prácticas depredadoras y colonialistas” y garantizando “el respeto a la mega diversidad e integridad de los pueblos que habitan en la zona declarada intangible”.
En mayo del 2009, Correa criticó en su enlace 173 a quienes se pronunciaban en contra de la entrega del campo Armadillo, que se encuentra en el límite de la zona intangible, por un potencial perjuicio a esos pueblos. “Quieren cerrar Armadillo porque se vio cerca a grupos no contactados. Si queremos evitar el riesgo de contacto con los pueblos libres no contactados tendríamos que desalojar la Amazonía”, remarcó.
La anterior Comisión de Control contra la Corrupción detalló en un informe que en abril del 2008, el ministro de Minas (e), José Serrano, pidió a la Procuraduría que cambie el informe negativo levantado sobre la suscripción del contrato para la entrega del campo Armadillo y que investigue a los funcionarios que realizaron el informe.
De otra partes, los grupos indígenas que entablaron la denuncia sostienen que el Ministerio de Ambiente, también, registró cambios en su política.